家庭医学全科门诊承担医院“先全科后专科”的首诊任务。全科的诊疗范围宽广，各种常见病、多发病以及早期的健康问题首诊时请预约全科门诊。全科可以解决患者85%以上的健康问题，如遇到复杂的、严重的疾病，全科医生会及时转诊至相应专科。在欧美等发达国家，居民患病时首先选择全科医生就诊，全科医生是居民健康的守护人。
除急诊之外，所有到港大深圳医院的患者均需提前预约，医院不接受任何非预约病人。
试业期间，医院内秩序井然，每天300人次门诊量全部“约满”，预约模式区别于中国内地许多医院地铁似的拥挤排队，提高了舒适度，也节省了等候的时间，看病更高效。
针对市民最关心的诊金问题，港大深圳医院实行全科门诊“打包”收费制度，每次130元，包含挂号费、诊金、不超过7天的药物及常规标准检验检查和卫生耗材的费用。该费用参照了深圳市3家三甲医院的门诊基础数据并进行模拟测算，试行期1年，到期后将根据实施效果进行评估调整。而专科收费不采用“打包”制度，具体收费细则9月份将有定案。
医院还参照香港一些医院的做法，创内地首例，为全部医生购买了“职业责任险”，将医疗事故责任交予第三方处理，保证医生在治疗环节更加专心，改善医患关系。　
医院实施“先全科，后专科”的分诊模式。初诊患者需先经全科医生门诊诊疗，必要时再转去专科门诊。
该医院一位负责人表示，全科医生经过全科医疗的医学专业训练，具备医学的综合知识，是处理常见病、多发病及一般急症的多面手。“头疼未必是脑的问题，也有可能是其他内脏出了故障，因此直接找专科并不合适，其实90%的病患都可以在全科门诊得到解决。”　
港大深圳医院更以打破医生的“铁饭碗”而引来各方关注。与现有的公立医院人事制度不同，港大深圳医院实行全员聘用合同制，入职员工与医院签订3年聘用合约，约满后，医院将依据考评情况决定是否续约，薪酬方面，最高年薪可达百万。
截至2012年7月20日，在港大深圳医院注册的香港专家已有106名，招聘内地医生48名、护士130名、医疗技术人员56名、管理人员48名、职员54名。
港大深圳医院对红包、回扣等医务人员的灰色收入持零容忍态度。一方面，“打包”收费的制度让医生灰色收入无“空隙”，另一方面，“不收红包”条款被明确写入合同，一旦违规即开除处理。医务人员的医德考核结果将作为续聘、薪酬、晋升以及评选先进工作者的重要指标。