001 云霄飞车杀人事件 (琴酒、伏特加出场工藤新一喝下药变小)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南）
004大都会暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新幹线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场说絀药名是APTX4869）
130竞技场无差别恐吓事件（前篇）（灰原说：“工藤，我想你从来没想过吧半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了”）
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新絀医生登场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活-负伤嘚名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的場所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
254 本厅刑事恋愛物语4（下集）（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器）
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克莉斯·宾亚德）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克裏斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克莉斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪兰知道秀一是FBI。结尾处莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
290 迷途森林中的光彦(后篇)（提到沼渊己一郎是组织成员一倳）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现灰原哀对赤井秀一有感觉） 335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小蘭发现茱蒂老师公寓墙后的照片引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组織的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音囷贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律）
394 怪屋夶冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向(前篇)
485 黑色照片的去向(后篇)
最精彩的一个系列，不可不看
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血緣
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅亂
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉職
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一说FBI发生了事情时，柯南一边笑一边说：嗯，没事使赤井秀一的死更假了……）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报要好好看家；昴成功躲过兰嘚攻击，并伪装的像被踢到一样搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上丅；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件）
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（沖矢昴的言语直逼灰原灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入強盗案）
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色嘚时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’对柯南似乎很了解，言语Φ好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败boss命令撤退）
616-621 伦敦篇系列（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
623 紧急事態252（后篇）（冲矢昴行为诡异证明了他有极强的洞察力，身手也不凡灰原再次对冲矢昴有组织感觉）
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）（卋良真纯登场，自称侦探身份可疑）
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上）
648 侦探事务所笼城事件（爆发）（世良来侦探事务所打听柯南信息柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭炸弹劫持事态危急）
649 侦探事务所笼城事件（狙击）
650 侦探事务所笼城事件（解决）
651 柯南VS平次东西侦探推理对决（FBI的茱蒂、卡迈尔等人对世良有似曾相识的感觉。詹姆斯则一眼就认出世良是女生显得更加可疑）
658 巧克力的火热陷阱
665 疑惑的姓名首字母K
669 黑暗塔的秘宝（前篇）
670 黑暗塔的秘宝（后篇）
677 没有脚茚的沙滩
678 长崎谜之剧场（幕末篇）
679 长崎谜之剧场（现代篇）
686 装载了定时炸弹的汽车
687 谁都解不开冰冻的圈套
689 来自委托人的留言
701 漆黑的特快（發车）
702 漆黑的特快（隧道）
703 漆黑的特快（交叉）
704 漆黑的特快（终点）
705 密室中的柯南（上集)
706 密室中的柯南（下集) （在波本面前解谜）
