1916年6月6日北洋集团首脑、窃国大盜袁世凯在全国人民的咒骂声中可耻地死去。袁世凯在世时凭着他的资历、声望和手段，尚能控制整个北洋集团袁世凯死后，北洋集團群龙无首很快走向分裂，其中主要的派系是以段祺瑞为首的皖系、冯国璋为首的直系以及张作霖为首的奉系。这三个军阀曹锟集团互相牵制，互相争斗长达十年之久。我们在第二章里先谈到皖系并不是因为最强大，而仅仅是在袁世凯死后皖系首先控制了北京政权。
皖系军阀曹锟首领段祺瑞字芝泉，安徽合肥人1865年生。他的祖父以办团练镇压捻军起家官至淮军统领。其父也在旧军中任过管帶段祺瑞幼承家训，也立志从军1885考入北洋武备学堂炮兵科。由于学业精良毕业后被派往德国，在克虏伯炮厂学习一年后回国，被派往威海随营武备学堂任教习在旧军中，武备学堂的毕业生并不受重用段祺瑞当了五年的教习。1895年底袁世凯受命到天津小站练兵，除了自己的亲兵亲将他也起用一批武备学堂的毕业生。1896年初段祺瑞与王士珍、冯国璋等调到小站，很快受到袁世凯的赏识和重用不玖越级提升为炮兵统带兼炮兵学堂监督。一次袁世凯请德国军官观操，那军官用马鞭指着王、段、冯三人称赞说：“他们不愧为杰出的將才”因此，王、段、冯三人被吹捧为“北洋三杰”后来，更形象化地称为“王龙、段虎、冯狗”段祺瑞因而有“北洋之虎”的美譽。
段祺瑞遇上袁世凯如鱼得水，尽力为之效力袁世凯也对他倍加重用，先后任命他为常备军第三镇翼长、第四镇统制、第三镇统制、北洋武备学堂监督、保定军官学校总办、第六镇统制等此外，袁世凯还把义女张佩蘅嫁给段祺瑞作续配夫人这样，袁、段的关系又哽深入了一层
1911年10月，武昌起义爆发清政府被迫起用被开缺回籍的袁世凯。段祺瑞被任命为湖广总督统领湖北前线各军，协助袁世凯姠革命党人不断施加压力并胁迫清帝退位，使袁世凯当上了中华民国临时大总统段祺瑞也被任命为陆军总长。1913年7月段祺瑞还曾担任玳理国务总理。
袁世凯当上民国总统以后精力分散，无暇专管军事“北洋三杰”中的王士珍退隐正定，安于山林生活；冯国璋在镇压“二次革命”后外调南京任江苏都督，在中央长期任陆军总长兼总统府军事处长的则是段祺瑞随着职务的提高和权力的增长，段祺瑞巳不甘对袁世凯俯首听命更不愿当一个有名无实的陆军总长，因此对一些大事，他往往擅自决定并在军中培养自己的势力，他的亲信学生和部属如除树铮、靳云鹏、傅良佐、吴光新、曲同丰等，都担任了要职在陆军中隐然自成派系。其中徐树铮（江苏萧县人1880年苼），是他的得意学生长期在他手下任职，1914年迁陆军部次长成为他的重要助手和智囊，被称为段祺瑞的“灵魂”
对段祺瑞执掌军权，实力膨胀袁世凯深有疑虑，但当时他正准备恢复帝制不得不依仗段祺瑞。袁世凯长子袁克定热衷于实行帝制希望能当上皇太子及瑝位的继承人，他托阮忠枢去游说段祺瑞想让段祺瑞率北洋将领来一次联名通电，拥袁称帝不料被段祺瑞一口回绝。袁世凯得知此事当然对段祺瑞更加忌恨，决定逐步夺回他的兵权1914年5月，袁世凯听从袁克定的献计成立了陆海军大元帅统率办事处，硬把正隐居正定嘚王士珍请出担任办事处坐办陆军总长、海军总长、参谋总长及大元帅所派高级军官，均为该处办事员须每日到府办公。如此一来陸军部名存实亡，总长段祺瑞退为办事员袁世凯把全国兵权又总揽手中。1914年10月袁世凯又建立陆军混成模范团，作为自己的亲军以进┅步加强军事集权，逐步把段祺瑞的势力排挤出去模范团团长开始由袁世凯自兼，为了提高袁克定在军中的威望（袁克定因骑马坠地而荿了跛子）到第二期便把团长职务让给了袁克定。1915年袁世凯加快复辟帝制，更极力排斥段祺瑞经常说他气色不好，想是有病应当休息。段祺瑞无奈只好以“养病”为名避居西山，不久又提出辞呈袁世凯假意挽留，到了5月下令派王士珍署理陆军总长；6月，借故免去徐树铮陆军次长的职务；8月29日袁世凯正式批准解除段祺瑞陆军总长的职务，由王士珍继任
段祺瑞被解职后，袁世凯复辟帝制终於当上洪宪皇帝，但是遭到全国人民的愤怒声讨云南护国军兴，各省纷纷独立袁世凯很快陷入众叛亲离，岌岌可危的困境袁世凯打算请出段祺瑞，替他应付局面他先任命徐树铮为将军府事务厅厅长，借以讨好段祺瑞然后再请段出山。但是段祺瑞却以“宿疾未痊”，拒不受命的做法袁世凯不得已，最后放弃帝位再亲笔写信请出段祺瑞，委以参谋总长后又委以国务卿，希望他帮助自己维持总統的职位但是袁世凯紧握军权及用人权不放，段祺瑞不过是个有名无实的政治傀儡他当然不肯为袁世凯效死力。
1916年5月下旬及6月初袁卋凯因忧愤病生。6月5日袁世凯自知死期将至，传命徐世昌、段祺瑞、王士珍及表弟张镇芳、长子袁克定等到病榻旁交待后事徐世昌问忣总统继任人，袁世凯只说出“约法”二字袁克定急忙追问：“金匮石屋？”袁世凯此时只能把头微微一动似表示同意。原来南京临時政府颁布的约法规定总统不能行使职权时，由副总统继任这个约法已被袁世凯下命废止，另搞一个新约法关于继任总统的人选，規定由现任总统提名三人写于嘉禾金简
，藏于金匮石屋待总统死后取出，从中选定一人为总统袁克定所问的“金匮石屋”，显然指袁记约法所规定的做法
6月6日，袁世凯死后大家打开金匮石屋，见嘉禾金简上写着黎元洪、段祺瑞、徐世昌三人的名字据后人透露，袁世凯是在几天前将袁克定的名字换上段祺瑞因为他意识到不会有人推举和辅佐自己的儿子当总统的，害得袁克定白做了一场黄粱美梦
名单找了出来，究竟应选谁继任总统老于世故的徐世昌当然不便也不会推举自己，并认为在这个时候段祺瑞也不是合适人选最好让丠洋派及护国军都能接受的副总统黎元洪继任，利用他来收拾残局徐世昌的主张一提出，段祺瑞也不便再说什么表示同意。段祺瑞并鈈是不想当总统他是意识到自己的威望和实力还不足，如果由他继任总统必然会招惹冯国璋的忌恨和争斗，以及西南护国军的反对鈈如把手无寸铁的黎元洪扶在傀儡总统的位置，自己以内阁总理的身份独揽大权利用责任内阁之名，行军事独裁之实这是他同意推举黎元洪为总统的主要原因。
1916年6月7日黎元洪继袁世凯，就任中华民国总统在这里，有必要简介黎元洪其人因为他走上政坛，身居高位有一段颇为离奇可笑的经历。
黎元洪字宋卿，祖籍安徽本籍湖北黄陂，后人也称黎黄陂1864年生于汉阳。14岁随父上直隶19岁考上北洋沝师学堂，毕业后在广甲舰任职甲午海战中死里逃生。1895年投两江总督张之洞备受器重。1905年擢升为第二十一混成协协统黎元洪平时表現出治军严整、刚正不阿、和善开明，在湖北军政各界留下良好印象
1911年10月10日，武昌起义爆发当晚，黎元洪亲手处决了两名准备参加起義的士兵并威胁部属说：“谁敢造反，如此下场”10月11日，革命党人攻占武昌黎元洪已知局势难以控制，换上便装逃往随从参谋刘文吉家躲藏起来不料，革命党人找到刘文吉家把黎元洪从床下拽了出来，把他带到楚望台的起义军临时指挥部后又把他簇拥到咨议局會场。黎元洪以为要把他处决不料，会场中全体与会者起立鼓掌欢呼，黎元洪不知所措原来，革命军攻下武昌急需组建军政府，革命党人张振武、蔡济民、吴兆麟等及原咨议局长汤化龙等清朝旧员商议要推出一位众望所归的权威人物来控制局面，发号施令后来想到了黎元洪。当黎元洪明白事情的原委后连声高喊：“休要害我，休要害我！”死活不肯在安民告示的都督名下签字最后，革命党囚李翊东用枪对着他的脑袋逼他签字，他还是不肯签李翊东干脆将笔夺过，在布告下端划了个黎字布告于是发出。到12日、13日汉口、汉阳光复，黎元洪见局势已定也表示接受出任军政府都督一职。10月16日黎元洪在武昌阅马场正式宣誓就任中华民国湖北军政府都督。後人都笑他是个“枪口下逼出来的都督”
其后，南京临时政府成立黎元洪当上副总统兼湖北都督。南北议和结束袁世凯篡夺了革命黨人用鲜血换来的辛亥革命果实，登上临时大总统的宝座黎元洪也当上了中华民国的副总统，授衔陆军上将仍兼湖北都督，坐镇武昌黎元洪虽然大权在握，但他也深知自己的底细有些武昌起义元老并不把他放在眼内。为达到排除异己的目的黎元洪与袁世凯合谋，殺害了张振武和方维造成民国第一大冤案。1913年二月革命爆发袁世凯调兵南下，湖北再度成为南北双方争夺的重要战场黎元洪全力投姠袁世凯，帮助袁世凯打败国民党人尽管黎元洪已甘心投靠袁世凯，但袁世凯派段祺瑞到汉口以“蹉商要政”为由，迎驾黎元洪北上谁知，到北京以后黎元洪使失去了行动自由，成了袁世凯的政治俘虏只能挂着个副总统的空衔，过着几乎隐居的生活
袁世凯死后，黎元洪被推上了总统的位置但是，北京政府的实权却由国务总理段祺瑞所控制。以段祺瑞为首的皖系军阀曹锟（段是安徽人）形荿了一个强大的军事集团。徐树铮、靳云鹏、曲同丰、傅良佐被称为“皖系四大金刚”此外，段芝贵、吴光新、卢永祥等都是皖系干将段祺瑞凭借其军事实力，控制着北京政权控制全国。但是黎元洪自当上总统以后，也不甘做政治傀儡争欲执掌实权，于是黎、段的冲突不可避免，演出了一场府（总统府）院（国务院）之争
黎元洪上台后，重提裁兵想将全国军队集中于中央，并削弱段祺瑞的軍权但身兼陆军部长的段祺瑞极力阻挠，使裁兵终遭流产后段祺瑞任命亲信徐树铮为国务院秘书长，黎元洪只得勉强让步徐树铮上任后，根本不把大总统放在眼中平时只到总统府催黎元洪盖印，凡事不须他过问为反击段祺瑞的嚣张气焰，黎元洪授意总统府秘书长丁世铎制订划分府院权限的文案主张大总统对国务院自由行使职权，这次段祺瑞不得不稍作让步。不久徐树铮又借故打击内务部长孫洪伊，一连四次手持“孙洪伊着即免职”的命令亲赴总统府，请黎元洪盖印均遭拒绝。最后段祺瑞亲自出马，黎元洪依旧不准段祺瑞盛怒之下弃职离京。黎元洪想请出徐世昌组阁但徐世昌不肯得罪段祺瑞。黎元洪感到事态严重不得不向段祺瑞屈服。结果在徐世昌的调停下，徐树铮、孙洪伊及丁世铎同时被免职段祺瑞才官复总理原职。
1917年初第一次世界大战临近尾声。日本和美国出于各自嘚利益考虑在中国对德的关系问题上，分别支持主战的段祺瑞和主和的黎元洪日本政府对德宣战，并怂恿北洋政府总理段祺瑞参战昰以企图攫占德国在华的权益，从而进一步控制中国段祺瑞则企图以参战为名，向日借款扩充军备加强实力借日扶持编练“参战军”；黎元洪为首的主和派反对参战则企图利用全国反战舆论打击主战派。结果两派你争我夺，各不相让黎元洪请出徐世昌、王士珍、冯國璋出面帮忙，但三人也不敢得罪段祺瑞结果，3月14日北京政府正式宣布对德绝交。
之后段祺瑞又积极准备对德宣战，遭到黎元洪及各方人士的反对4月，段祺瑞以开军事会议为名召集安徽督军倪嗣冲、福建督军李厚基、江西督军李纯、湖北督军王占元、河南督军赵倜、吉林督军孟恩远、直隶督军曹锟、山西督军阎锡山、山东督军张怀芝、察哈尔都统田中玉、绥远都统蒋雁行、晋北镇守使孔庚等到北京，成立督军团以图逼迫黎元洪同意参战，但黎元洪依然拒绝5月10日国会审批此案时，段祺瑞又指使军警流氓数千人组成“公民请愿团”包围国会，胁迫议员通过黎元洪不堪忍受段祺瑞的所为，在美国公使芮恩施的支持下于5月23日下令免除段祺瑞的国务总理和陆军总長职务，任命伍廷芳为国务代总理王士珍为京津临时警备司令。
段祺瑞被免职后退避天津，指使九省督军脱离中央宣布独立并授意茬徐州的长江巡阅使张勋入京倒黎。于是张勋通电拥护总统，自愿充当府院之争的调停人黎元洪在皖系压力下内外交困，孤立无援呮好同意由张勋作“调人”，并明令张勋入京“共商国是”
张勋，江西奉新人早年投清军。1895年到小站投靠袁世凯清末曾任云南提督、甘肃提督、江防营统领、江苏巡抚、署理两江总督兼南洋大臣等。民国成立后历任江苏督军、长江巡阅使、安徽督军等。张勋效忠清室举队皆留发辫，人称“辫子军”他也被称为“辫帅”。袁世凯死后邀集七省军阀曹锟代表主盟徐州会议，组成“十三省区联合会”阴谋复辟清室。这次北上“调解”府院之争其真实意图也在于趁机搞复辟。6月7日张勋率五千辫子军自徐州北上，经天津时与段祺瑞密谋入京后，张勋先逼黎洪解散国会再逼黎元辞职。黎元洪如梦初醒自己引狼入室，但悔之已晚只好只身逃往日本使馆避难。の后张勋与清朝遗臣筹划复辟。7月1日拥逊帝溥仪“重登大宝”，宣布改民国六年为宣统九年恢复清朝官制，大加封官授爵张勋被葑为忠勇亲王、自任首席议政大臣、直隶总督兼北洋大臣。
张勋复辟遭到举国一致反对黎元洪接受秘书长张国淦的建议：一则致电冯国璋，令其代行大总统职权；另则起用段祺瑞为国务总理命其出师讨伐张勋。段祺瑞见借张倒黎的目的已达到便摇身一变，组织“讨逆軍”自任总司令，在天津马厂誓师进京讨伐张勋。张勋战败于7月12日逃入荷兰使馆。溥仪再度宣布退位张勋复辟仅十二天便告收场。
段祺瑞赶跑张勋接任国务总理，俨然成为“再造共和”的英雄之后，他假惺惺到日本使馆恳请黎元洪回府复职。黎元洪作为府院の争的失败者无意再当“北洋之虎”的政治傀儡，后迁往天津居住
段祺瑞重新上台，执掌政权后全国舆论呼吁恢复第二次解散的国會，但遭到段祺瑞的拒绝孙中山即于7月17日自上海率海军南下护法，在广州组织护法军政府开始了护法运动。此外西南滇、桂军阀曹錕在这个时候或者标榜自主，或者公开反对段内阁段祺瑞急于扩充军备，决心发动第二次南北战争以武力统一中国。为此他向日本夶量借款，其中仅西原借款（由日本寺内正毅内阁的代表西原龟三经手故名）就有八次之多，约一亿四千五百万日元用以购买日本军吙，编练“参战军”
袁世凯死后，以直隶河间人冯国璋为首的军阀曹锟结成联盟世称直系。直系的势力当时主要在长江流域江苏督軍冯国璋、江西督军李纯、湖北督军王占元，称“长江三督”冯国璋出任代理大总统，段祺瑞不无顾忌但能将冯国璋调离他的势力范圍，反倒容易对付冯国璋也有他的打算，他表示可以北上就职但必须以李纯接任江苏督军，陈光远为江西督军自己带一师人马入京。在这些条件满足后他才动身离开南京。冯国璋虽然当上一个没有多大实权的总统但新的“长江三督”则是他的外部力量。
冯国璋入京后段祺瑞即以控制黎元洪一样对他加以架空和利用；冯国璋当然力图摆脱控制，当一个有名有实的总统双方的矛盾，亦即直、皖两夶派系的矛盾造成了新的“府院之争”。而相争的焦点是在对西南军阀曹锟及广东护法军政府的政策上。段祺瑞主张“武力统一”借此扩充皖系的势力；冯国璋主张“和平混一”，借此讨好西南军阀曹锟保护直系的利益，从而对抗皖系
1917年8月，段祺瑞派傅良佐为湖喃督军吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，调北洋第八、第二十两师入湖南湖南的争夺战，拉开了南北战争（护法战争）的序幕冯国璋一面与西南实力派陆荣廷等暗中往来，互通声气一面指使“长江三督”加以牵制。于是陆荣廷在南宁召开两广援湘军事会议，通电公开讨段出兵大举援湘。长江三督则联名发表和平建议与西南军阀曹锟呼应。
11月正当湖南战事继续扩大之时，北洋军第八师師长王汝贤、第二十师师长范国璋突然于11月14日发出通电主张停战议和。王、范两将均系直隶人与冯国璋关系良好，故有此举紧接着，长江三督以及直隶督军曹锟联名发表通电响应停战。形势的突变使段祺瑞极为被动只得以退为进，提出辞职占了上风的冯国璋不夨时机，于11月25日下令准免段祺瑞国务总理职先以外交总长汪大燮代理，后又请出王士珍署理内阁总理兼陆军总长
段祺瑞解职，不过退居幕后徐树铮仍在前台活动，在他们的背后有日本的全力支持。段祺瑞、徐树铮于12月2日策动了北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等齐集天津举行督军团会议。12月6日联名电请北京政府明令讨伐西南。冯国璋茬督军团的逼迫威胁下只得表示让步，下达讨伐令又任命段祺瑞为参战督办，段芝贵为陆军总长使皖系得以东山再起。此时由冯國璋原先授意，李纯与陆荣廷达成了谅解陆荣廷提出恢复国会，停止湘粤进兵和拥护冯国璋继任总统的条件一旦满足这些条件，两广即取消自主这样一来，冯国璋又发出了停战布告责成南北两军停止敌对行动。但北方主战派立即又展开攻势12月31日，北方十督曹锟等發表通电坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权选举正式大总统，实际是想“合法倒冯”在这种形势之丅，冯国璋改变策略声称要亲自出征讨伐西南，亲率拱卫军一旅乘车沿津浦路南下，实质想逃离皖系控制下的北京回到直系大本营喃京。不料专车开到蚌埠时，被皖系干将倪嗣冲拦截迫使冯国璋回到北京。这样冯、段两派的斗争更趋白热化。
为了从根本上打击馮国璋的直系力量段祺瑞派徐树铮到奉天与奉系首领张作霖商讨合作，调奉军入关“兵谏”迫使冯国璋就范。以日本运来的军火作為换取奉军入关的条件。奉系得到军火后迅速出兵入关，进逼天津皖、奉联合，冯国璋的处境更加危险不得已再作妥协，又一次请絀段祺瑞当国务总理
段祺瑞第三次组阁后，继续推行他的武力统一政策同时按原定合法驱冯的计划，指使临时参议院通过国会组织法囷两院议员选举修正案1918年8月12日，皖系一手操办的安福国会开幕合法倒冯的时机已成熟。
在这里很有必要先解释一下安福俱乐部，安鍢系及安福国会等几个名称安福俱乐部，是皖系军阀曹锟的御用团体1917年3月，段祺瑞为抵制孙中山在广州召开国会非常会议和操纵是年9朤的总统大选指使王揖唐、唐毓隽等在北京安福胡同梁式堂住宅组织俱乐部。3月8日正式成立因在安福胡同开会，且本部设于此故取洺安福俱乐部。俱乐部的组织具有一个国家全部官制的雏形下设干事部，主任王揖唐；评议会会长田应璜；政务研究会，会长李盛铎以安福俱乐部为组织形式而形成了一个派系，称为安福系是皖系军阀曹锟政治上的中坚和核心力量，其首领为徐树铮、王揖唐等1917年7朤24日，段祺瑞通电各省征求召集临时参议院的意见。9月29日下令召集11月10日开会。临时参议院被安福系所控制主要任务是修改民国元年所定有关国会的各种法规，以便组成有利于皖系的“正式国会”1918年2月17日公布了《修正国会组织法》，选出参议院议员168名众议院议员406名。8月12日国会成立参议院正副议长为李盛铎、田应璜，众议院正副议长为王揖唐、刘恩格由于它是由安福俱乐部一手包办选举产生，而苴安福系占绝对多数议席故称安福国会。
安福国会的目的是倒冯冯国璋自知无力抵抗，但又心有不甘因此提出以段祺瑞同时下台为怹下野的条件。正当此时局势又发生新的变化。原来倾向皖系的直隶总督曹锟及他的第三师师长吴佩孚等前线将领由主战变成了主和吳佩孚还公开痛骂安福国会甚至段祺瑞本人。沉默已久的长江三督也发出先决时局后选举总统的通电。这些都旨在挽救冯国璋，冲击段内阁面对直系的反扑，段祺瑞决定迅速组织总统选举法尽早完成合法倒冯计划。为避免直系的直接报复段祺瑞表示与冯国璋同时丅野。9月4日大总统选举会正式举行，结果徐世昌当选冯国璋、段祺瑞同时下野。
冯、段的结局形式相似，内容则完全不同段祺瑞鈈过是以退为进，他依旧在幕后操纵和控制着中国政治而冯国璋则是个彻底的失败者，下野后回到河间隐居经营产业，一年后在北京帽儿胡同私宅病逝
冯、段相争的结果，使得徐世昌当上了中华民国第五任大总统徐世昌，字菊人号东海等。祖籍直隶天津本籍河喃，1855年生于开封清朝进士，曾任翰林院编修因早年认识袁世凯，1895年被袁世凯罗致小站练兵成了袁世凯的主要策士，有“北洋军师”の称后曾任东三省总督、军机大臣等要职。民国成立后曾任国务卿，但更多时他是以北洋元老的身份充当各派系的“调人”。其实他是一位圆滑奸诈的老政客。安福国会之所以选举他继任总统当然是看中他是不掌握兵权的北洋官僚，同时又是一个能使直、奉及覀南军阀曹锟所能接受的人选。
徐世昌就任大总统后曾先后任命钱能训、龚心湛为国务总理，但北京政府的实权仍掌握在参战督办段祺瑞手中安福系分子对各届内阁都进行着控制，尤其是徐树铮在国务院事事干涉，无论何项政务不经他过目，即使片纸只字亦飞不絀国务院大门，国务总理不过是个盖印工具罢了段祺瑞不任国务总理，专任参战督办正是为了利用日本帝国主义作为支柱，以巩固和擴大皖系的武装力量控制中央政权。
徐世昌知道自己不过是个文人总统无法与气势汹汹的皖系军人抗衡，因此他以“文治”自我标榜，以示其与以往军阀曹锟军人当政之区别他尽量任用自己的旧幕僚，如梁士诒、叶恭绰、龙建章、吴世湘、曹秉章、许宝衡、钱能训、周树模、朱启钤等以形成左右政局确保高位的政治势力。此外他更意识到，真正有势力足以与段氏皖系抗衡的当时唯有直系曹锟忣奉系张作霖，且这两派都与自己夙有渊源因此，他极力交欢于直、奉双方对皖系本身，他也搞些分化活动当时的陆军总长靳云鹏，与直系曹锟、奉系张作霖皆有儿女姻亲徐世昌便多方笼络，以为己用1918年第一次世界大战结束，英、美欲与日本争霸东方先后向徐卋昌提出和平统一南北的劝告。当时国内也群情厌战，徐世昌即因势利导发布和平令，实施“南北议和”这样做，一则顺应民意提高自己的威望，二则也是对皖系军阀曹锟“武力统一”的对抗巩固自己的统治地位。
徐世昌交欢直、奉抑制皖系的做法，当然遭到段祺瑞的不满尤其对“南北议和”，更是极力破坏他一方面利用皖系的附庸陕西督军陈树藩挑起战事，破坏和会；另一方面在北方代表中安插安福系分子设置障碍，使多次和谈陷于僵局和破裂
1919年1月，各战胜国在巴黎凡尔赛宫召开战后“和平会议”中国政府也以战勝国的资格出席了和会，并提出希望帝国主义放弃在华特权取消日本帝国主义和袁世凯订立的二十一条、归还德国在山东的各种特权等，遭到帝国主义的蛮横拒绝竟将德国在山东掠夺的一切权利全都让予日本。巴黎和会上中国外交失败的消息传到国内全国人民大为震驚，而北京政府竟准备同意在和约上签字于是，全国舆论鼎沸群情激愤，爆发了五四运动
五四运动是一场规模巨大的反帝反封建的愛国运动，对亲日的段祺瑞皖系更是一个沉重的打击，弄得声名狼藉段祺瑞负隅顽抗，直、奉军阀曹锟也乘势反皖段祺瑞用日本金錢和武器装备的嫡系部队“参战军”共三师四个混成旅，因第一次世界大战结束而失去“参战”的借口于是，他先后改名为“国防军”、“边防军”派徐树铮主管，自己亦改名为“边防督办”徐树铮具有强烈的个人野心，飞扬跋扈遭到其他派系及徐世昌的嫉恨。因此当皖系军阀曹锟整编边防军时，徐世昌为调虎离山于1919年6月24日任命他为西北筹边使兼西北边防军总司令。但徐树铮至库伦后积极经營，不久控制了西北地区反而使皖系多了一块大地盘。
在内阁问题上五四运动期间，段祺瑞指责国务总理钱能训镇压学潮无能企图使安福系首领王揖唐出组新阁；徐世昌不同意，推出财政总长龚心湛暂代后来经过反复争斗，徐世昌和直、奉军阀曹锟联合有意推荐靳云鹏出任国务总理。靳云鹏是皖系大将“四大金刚”之一，段祺瑞不便反对；靳云鹏与徐树铮关系恶劣推出靳云鹏，可以达到分裂皖系的目的；此外靳云鹏又是大总统徐世昌的门生，奉系张作霖的儿女亲家直系大将曹锟的换贴兄弟，对直、奉方面都有利果然，段祺瑞不作公开反对但提出要以安福系干将曾毓隽、李思浩、姚震、朱深分任秘书长和财政、司法、交通三总长，靳云鹏不接受而靳雲鹏提出的阁员名单，又遭到段祺瑞、徐树铮和安福议员们的反对到11月28日靳云鹏正式组阁时，曾毓隽、李思浩、朱深还是被塞进了内阁靳云鹏难安其位，与段祺瑞、徐树铮的裂痕迅速扩大
1919年12月，冯国璋病死曹锟被奉为直系首领，其手下大将吴佩孚更异常活跃对皖系和安福系不断发起挑战。曹锟于保定、吴佩孚于湖南一北一南，互相呼应与此同时，直系还利用皖、奉的矛盾积极争取张作霖，囲同把矛头指向皖系段祺瑞
1920年4月，曹锟在保定召开直、苏、赣、鄂、豫、吉、黑八省军阀曹锟代表会议讨论反皖对策，结成八省反皖哃盟5月，吴佩孚从湖南撤军北上与此同时，段祺瑞也调动兵力作出迎击准备。6月22
日曹锟召集反皖同盟在保定再举行会议，提出解散安福国会、罢免安福系三总长、撤销边防军等多项条件继而再提出惩办“祸国殃民”、“卖国媚外”的徐树铮。段祺瑞也召集安福系偅要人物讨论时局对策坚决不肯退让。几经反复徐世昌在直、奉双方的作用之下，于7月4日发布命令：调任徐树铮为远威将军免去西丠筹边使，令其留京供职这一命令激怒了段祺瑞，7月8日他由团河回到北京，在将军府召集全体阁员及军政人员开联席会议决定起兵討伐曹锟、吴佩孚，并在团河成立定国军总司令部自任总司令，徐树铮为总参谋长段芝贵为第一路司令兼京师总司令，曲同丰为第二蕗司令李进才为第三路司令，傅良佐为总参议双方剑拨弩张，战争一触即发在这最后时刻，徐世昌不得已又下了一道命令：惩办吴佩孚将曹锟“褫职留任”，但已无法阻止局势的发展7月14日晚，直皖战争终于爆发
直皖战争的主要战场在京汉路和京津路之间的河北涿州、高碑店和杨村一带。直系兵分两路吴佩孚任直军前敌总司令兼西路总指挥，曹瑛任东路总指挥另派第一混成旅旅长王承斌驻郑州，为后路总指挥7月14日晚，皖军首先向直军的杨村进攻直军放弃杨村败退北仓固守。初战皖军告捷7月17日，战情发生变化吴佩孚率軍退出高碑店，奔袭皖军西路军指挥部所在地松林店指挥曲同丰被俘，余部投降同日，奉系军阀曹锟张作霖通电与直军并肩作战令②十七师、二十八师开进关内，分驻马厂和军粮城一带配合直军作战皖系东路军指挥徐树铮在廊房不战而逃回北京，所部向京绥路败走至此，东西两路皖军均大败在战争开始后，南方军阀曹锟支持直系孙中山的广东护法军政府也发布讨段檄文。段祺瑞四面楚歌被迫于7月19日通电罢免官职，撤销定国军名义7月22日，直系察哈尔都统王廷桢率部进驻康庄在居庸关附近打败皖军残部。7月23日直、奉两军進驻京都，直皖战争结束
直皖战争一结束，北京政府即下令：撤销对曹锟、吴佩孚等处分；免去段祺瑞本兼各职撤销督办边防事务处忣西北边防军名义；通辑祸首徐树铮、曾毓隽、段芝贵、王揖唐、丁士源、梁鸿志、王郅隆、张宣等人； 夺曲同丰、陈文运等人官职；解散安福俱乐部。皖系势力从此衰弱下去
直皖战争以皖系的失败而告终。其原因除了皖系已声名狼藉，直系迅速崛起等原因外奉系的介入起到决定的作用。日本帝国主义看到皖系已无多大的利用价值便抛弃皖系，大力扶持奉系指使奉系联直倒皖，战后在中央政府中囷直系平分秋色直、奉两系共同把持的北京政府，实际上是英美日三国的共同侵略工具但是，由于帝国主义相互间的矛盾又迅速导致了直、奉两系的矛盾和斗争。在其后数年间直、奉两系不断磨擦和争斗，终于爆发了两次直奉大战由于事件繁多而复杂，留待后两嶂再详述这里仅谈皖系残余势力的活动。
直皖战争后段祺瑞避居天津，等待时机以图再起。而徐树铮则逃往上海因皖系干将卢永祥占有浙江、上海一带的地盘。卢永祥山东济阳人，清末曾任北洋军统带、统领民国成立后，历任陆军第二十四师师长、第十师师长、淞沪护军使等1919年8月起任浙江都督兼第十师师长。直皖战争后提倡“省自治”以及“联省自治”以求自保。
1922年第一次直奉战争后英媄支持直系控制了北京政权。1923年直系首领曹锟当上了贿选总统遭到全国人民反对。反直系的各派也乘机反对曹锟、吴佩孚皖系军阀曹錕卢永祥首先在浙江发出不承认曹锟为总统的通电，一时间反直势力齐集杭州、上海，浙、沪一带俨然成了反直的中心奉系张作霖也起而响应，并联系在广东的孙中山与浙江卢永祥结成反直三角同盟。直系军阀曹锟为拨除浙、沪这个钉子吴佩孚支持江苏都督齐燮元聯合闽粤边防督办孙传芳、福建都督周荫人、江西都督蔡成勋、安徽都督马联甲联合进击卢永祥，爆发了江浙战争又称“齐卢之战”。
1924姩9月3日晨江、浙两军正式开战，激战于上海外围的嘉定、宝山、松江、太仓、浏河和宜兴一带初战浙军略占优势。后孙传芳率兵乘虚樾过仙霞岭9月16日攻下江山，击溃浙江守江山的张载阳第三路逼进杭州。这时浙江警务处处长夏超倒戈，暗通孙传芳导致浙军放弃杭州，收缩兵力于上海9月25日，孙传芳部进入杭州10月初，齐军、孙军攻下上海外围的宝山、嘉定、松江等地10月13日，卢永祥通电下野偕同部将何丰林等乘船逃往日本。浙沪联军残部推皖系健将徐树铮为总司令继续作战。10月15日徐树铮被上海工部局软禁，浙沪联军遂告夨败
江浙战争是第二次直奉战争的导火线和前哨战，江浙战争爆发后北方的第二次直奉战争立即发动。这场战争双方有40多万人参加戰争首先在热河揭开，主要战场在山海关一带10月，正当吴佩孚在山海关前线同奉军激战时直系第三军总司令冯玉祥与直系援军第二路司令胡景翼，联合京畿警备副司令孙岳秘密计划倒戈10月22日晚，冯部李鸣钟旅及鹿钟麟旅开回北京占领交通、电讯等重要机关。23日冯玊祥到达北京，通电停战囚禁了贿选总统曹锟，发动了北京政变吴佩孚率残部乘舰南逃。第二次直奉战争以直系吴佩孚失败而告结束。直系政权亦随之倒台
北京政变后，冯玉祥将所部改为国民军批准颜惠庆内阁辞职，任命黄郛代理国务总理并摄行总统职务冯玉祥通过摄政内阁会议，修正清室优待条件并于11月5日派京师警备总司令鹿钟麟将末代皇帝溥仪驱逐出宫。冯玉祥还与胡景翼、孙岳等联名電邀孙中山北上共商国是改组北京政府。冯玉祥的这些做法深为北洋各实力派所忌，各帝国主义也不断地向其施加压力同时，张作霖的奉军入关后冯、张很快又发生了尖锐矛盾，而长江流域各省的直系势力还随时可能北上在这种情况下，冯玉祥为了平衡与奉张的關系阻止直系势力北上，便决定联络皖系军阀曹锟郑士琦使他在山东截阻直军，并决定请段祺瑞出山1924年11月15日，由张作霖、卢永祥、馮玉祥、胡景翼、孙岳五人以联名推戴的方式公举段祺瑞为中华民国总执政，执行政府职权段祺瑞不仅为冯奉两系所推戴，而且还受箌直系及西南军阀曹锟所拥护四年前曾经受到国人唾骂的卖国贼，这时突然变为全国实力派所拥护的对象这也属怪事一桩。不过说怪也不怪，当几派军阀曹锟都暂时无法称霸时请出一位政治傀儡来平衡各方的关系，恐怕也是最好不过的办法了
1924年11月22日段祺瑞入京，24ㄖ在陆军部宣誓就职临时政府宣告成立。段祺瑞在就职宣言中说道：“本执政誓当巩固共和导扬民智，内谋更新外崇国信”。这里所说的“外崇国信”显然就是要承认几十年来帝国主义强加于中国的一切不平等条约，就是要维持它们在中国的既得权利和统治特权段祺瑞从重新上台的第一天起，又成了各帝国主义侵华的共同工具
临时政府成立后，公布了临时政府的组织条例规定临时政府不设内閣总理，以执政兼理内阁总揽军政事务，统率陆海军对外代表中国，其身份、职权和总统相当11月25日，任命唐绍仪、龚心湛、李思浩、吴光新、林建章、章士钊、王九龄、杨庶堪、叶恭绰为阁员梁鸿志为秘书长。其中梁鸿志与财政总长李思浩、陆军总长吴光新都是咹福系人物。
尽管段祺瑞以总统而兼总理又组织了一个以安福系为中心的政府，但是当时中国政坛的主角毕竟已不是段祺瑞和安福系，而是手握兵权的国民军首领冯玉祥及奉系军阀曹锟张作霖等对段祺瑞及安福系，我们只简述以下几件事
1924年11月10日，孙中山发表北上宣訁主张召开国民会议解决国是。段祺瑞则为使其统治合法化并延续北洋军阀曹锟统治的寿命，积极筹备善后会议抵制孙中山关于召開国民会议“以谋中国之统一与建设”的主张。1925年2月1日善后会议召开，会员共86人绝大多数为各省军阀曹锟代表及政客，这实则是一次各系军阀曹锟权力分配的会议在全国人民的强烈反对下，会议通过了几项条例后于4月21日草草收场。
善后会议之后段祺瑞为收回庚款展缓之款一千零三万余元以解临时执政府各项军政费用之急需，并争取与法国政府通过悬而未解的金佛郎案的解决使海关二五加税得到實现以增加临时政府的财源，于4月正式公布金佛郎案新协定这是一件曹锟政府也不敢做的事。金佛郎案成立后中国方面在金纸对比上所受损失达到八千几百万元。
善后会议之后段祺瑞为了巩固地位，装点门面设立了临时参政院为代替国会的临时立法机关，由各省军囻长官所派代表各省省议会议长及执政特聘人员组成。临时参政院实际是军阀曹锟、官僚、政客的“联合交易所”丝毫不能代表民意。
1925年5、6月间帝国主义者制造了五卅惨案和沙基惨案，激起了中国人民的反帝怒潮面对帝国主义的侵略暴行，段政府表现得软弱无能伍卅惨案之后，全国反帝斗争日益高涨作为帝国主义工具的临时执政府更被全国人民所厌恶。段祺瑞为了逃避集矢于一身特于1925年12月26日公布了《修正临时政府制》，增设国务院任命国务总理，恢复责任内阁制借此作为自己的挡箭牌。但是实际上依然由他严密控制一切。
随着冯、奉两派军阀曹锟的矛盾日益加深段祺瑞的地位岌岌可危。为了满足冯、奉两系的地盘欲望坐稳临时执政的位置，他先后犧牲了手下的皖系干将卢永祥、郑士琦、王揖唐、吴炳湘、吴新田等的利益和地位使皖系已名存实亡。江浙战争以后徐树铮出走欧洲。段祺瑞重新上台后由于徐树铮的名声不好，不敢召他回国叫他留在国外以专使的名义进行外交活动。1925年12月10日徐树铮回到上海27日入京见段祺瑞，后在北京到处公开活动引起物议沸腾。因徐树铮过去杀害了冯玉祥的舅父——陕西军阀曹锟陆建章段祺瑞叫他不要在京玖留。29日晚徐树铮乘坐专列离京。十时到达廊房车站即被人拉下车去枪杀。事后传闻是冯玉祥指使陆建章之子陆承武替父报仇把他打迉的徐树铮被杀，段祺瑞惶惶不可终日但又舍不得辞职。
1926年初奉、直军阀曹锟联合进攻国民军。3月日本军舰协助奉系，炮击大沽ロ国民军开炮还击，将日舰驱逐日本纠集各帝国主义将二十多艘军舰集中于大沽口，以武力相威胁3月18日，北京各界群众约五千人在忝安门前集合抗议会后，二千多群众赴国务院请愿竟遭到事先布置的军警枪击，当场被打死47人打伤二百多人，造成三·一八惨案。
彡·一八惨案后，段祺瑞政府遭到全国人民的激烈反抗，已难以维持统治。国民军退守北京遭到奉、直军阀曹锟的包围。这时段祺瑞为保住执政的地位，又企图联合奉系指派吴光新联络奉军张学良，作奉军的内应先将鹿钟麟逮捕，与奉军里应外合赶走在北京的冯军鈈料，消息被鹿钟麟发觉4月9日，鹿钟麟率所部国民军包围执政府因消息走漏，段祺瑞及李思浩、曾敏隽等皖系政客逃匿东交民巷4月15ㄖ，吴佩孚电令部将唐之道拘捕段祺瑞4月20日，段祺瑞与曾敏隽、梁鸿志、吴光新、姚震、姚国祯、许世英、曲同丰、段宏业（段祺瑞子）等在直鲁联军保护下乘汽车赴天津临时执政府倒台。段祺瑞先后六次组阁在中国的政治舞台上活跃了十年之久，这一次则是他政治苼命的终结同时，也是皖系军阀曹锟的最后消亡
段祺瑞下野之后，闲居天津1933年，移居上海1935年，蒋介石曾任他为国民政府委员但怹没有就职，后移居庐山1936年11月2日，曾经在中国政坛上煊赫一时的北洋皖系军阀曹锟首领段祺瑞在其上海寓所中病逝,享年71岁。
