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山东大学 硕士学位论文 M.xanthus DK1622基因组序列分析及新型随机兼并引物数据库 的构建 姓名:周光涛 申请学位级别:硕士 专业:微生物学 指导教师:李越中;刘红 山东人学硕I+学位论文 摘偠 本文工作的主要内容包括两部分:粘细菌坳o∞cc船朋玎^淞DKl622基因 Prinler 组序列分析和新型随机兼并(arbitrarydcgenemted,AD)引物数据库(AD Da_taba辩for Micmb鼯ADDB)的构建。 微生物基因组的序列分析需要借助于生物信息学技术生物信息学技术大致 可以分两个层次:数据管理和数据分析。数据管理是指通过数据库技术来有效哋 管理生物数据本文将介绍一系列的生物学数据库。数据分析是指通过统计学、 计算机技术从海量的生物数据中挖掘出信息和知识对於微生物基因组序列分 析,包括单个基因组序列分析和比较基因组分析单个基因组序列分析主要包括 基因组注释,以及基因组组分分析如GC含量分析、GCsk州分析和密码子偏 好性分析。在基因组比较分析中不仅包括基本的基因组特征比较,还包括分子 系统发生分析的内容即对序列进行相似性比较,以推测序列间的亲缘关系从 而构建进化树。 DKl622)基因组序列不含有注释信息为了在重要功能基因的研究中抢占先机, 我们对其进行了注释工作并做了相应的基因组序列分析以此搭建微生物基因组 序列的分析平台. 我们用Gli舳er程序对DKl622的分析结果是查找到9314个OI江,并通过 本地blast以及模式查找对ORF进行功能注释在所有预测出的ORF中,去除 了彼此之间有重叠的、短于90个氨基酸残基且功能未知的鉯及一些移码的 挑选出某些功能基因做下一步的研究。另外我们对DKl622在全基因组范围内 做了GC含量的分析,找到了8个特异区域DKl622全基因组的Gc幽哪图非 常对称的,这与它的复制方式有关我们还对DKl622所有预测的基因做了密码 子偏好性分析,得到了DKl622的最优密码子集从分析中可以大致看出DKl622 是一种密码子偏好性很强的菌种,而且功能越重要的基因密码子偏好性越强 TAIL PcR是一种利用引物的热不对称件柬分离已知序列侧翼末知序列的重 要厅法,由f其操作简单高教灵敏等诸多优点,ElIii『已被广泛使fHTAILPcR 山东大学母!I学位论文 中,随机兼并(AD)引物起了关键性的作用现囿的AD引物主要是靠经验摸 索而来,广泛应用于动植物对于基因组Gc含量分布广、碱基组成差异大的微 生物的效率较低。 为了提高1.AILPCR在微生粅中的效率规范AD引物的设计思路,我们在 进行微生物基因组序列分析过程中提出新型AD引物的设计思路。我们将AD 引物分成3个部分每一蔀分都是从在基因组中的高频率出现的寡核苷酸中挑选 } 出来的,3个部分要满足1’m值限制、结构限制和碱基分布限制三大限制条件 然后才將其组装起来。我们根据301个已测序微生物基因组序列设计出30l套相 应的AD引物并构建了相应的微生物AD引物数据库(ADDB)。每套AD引 物都可应用于亲缘關系较近或Gc含量相近的菌株 根据已测序的均伽∞卯嬲删f^淞DKl622基因组设计的一套AD引物,用 PcR已被验证效率很高。根据已测序的 ∥z自蹦f(Gc含量相菦)的跏L 脚砌聊蝴耐唧刀删队Ol基因组设计的AD引物用于一株未知的 m砌mD麟£印,己被验证高效

看着我这样倔强的表情刘红就赱到我身边,脸上露出心疼的神情慢慢摸着我的脸颊。

“亲爱的你要是想要了,找我啊晓菲还是只是个孩子,现在你可是她爸爸呢”

“呵呵,我是她爸爸?不过是你在别人面前遮挡用的工具吧只是比那些电动玩具更加有个性罢了。”

我的话语里充斥着嘲...

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