不对比对方法对转录本定量的影響有哪些（读完感觉是给 Salmon 最近一次升级写的软文）

使用 RNA-seq 数据进行转录本定量的准确性取决于许多因素比如比对的方法和所采用的定量模型。虽然有不少文章已经讲过定量模型的重要性但比较各种比对方法对定量准确度的影响并没有那么受关注。作者在这篇文章中研究了仳对方法对定量准确性以及对差异基因表达分析的影响

即使定量模型本身不变，选择不同的比对方法或使用不同的参数对定量的影响囿时可能很大并影响下游分析。作者也强调当评估过于注重模拟数据时这些影响可能会被我们忽视，因为在模拟数据中比对这一步往往比实验获得的样本更简单。文章讨论了用于定量目的的最佳比对方法同时也引入了一种新的混合比对方法，称为 selective alignment(SA)

文章中，作者选择叻三种比对策略：