ImageJ 在图片某条线上进行望远镜相对亮度度测量

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2018-01-03 16:56 标签： 黑苹果地平线亮度保持
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利用Imagej提取目标物平面图像外轮廓的方法
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ImageJ图片组中灰度值信号的时间序列
利用ImageJ的插件可以很方便的进行图片组（stack）信号处理分析。本文利用的是MBF ImageJ软件。
（MBF IamgeJ是Mcmaster Photonics
Facility开发的带有很多生物医学图像处理插件的ImageJ，下载网址&安装过程中如有两个小插件报错直接忽略即可；如果已经下载ImageJ，也可以只加载其插件）。
1.图片选择
首先，由于MBF-ImageJ自带了生物医学图像插件BioFormats（），所以可以直接打开奥林巴斯oib文件，打开原始图片组后图像是灰度值tif文件。&
Olympus等显微镜拍摄多通道的细胞荧光图像文件，是oib格式，利用MBF-ImageJ直接打开后，不同通道是交叉排列的。如2个通道连续拍摄750张图片，图片组共1500张图片，其中单数张图片为通道1获取的图片，偶数张是通道2获取的图片。（注：如果是先在奥林巴斯FV1000软件中将oib文件导出为tif文件，则不同通道是依次排列的，即1500张图片组中，前750张为通道1采集的图片，后750张为通道2采集的图片。）
我们可能需要将不同的通道的荧光信号（实际即图片的灰度值）分开提取和处理。方法如下。
点击Plugins-》Stacks-shuffling-》Slice keeper。
点击后，弹出菜单如下：
First Slice：起始的序号
Last Slice：结束的序号
Increment：间隔的数目（注：1适用于依次保存的图像组，2适用于交叉保存的图像组，选择后即隔一张保存一张，此处应该填写2提取出通道1的数据。如想提取出通道2的图片，则需将First
Slice从2开始。）
&点击OK后，新的图片组就出现了。新图片组被自动命名为“原图片组名 kept
2.单个细胞信号查看与提取
我们接下来在新的图片组中圈选细胞，进行荧光信号的时间序列提取．因本例中图片太小，我们首先使用ＩｍａｇＪ的放大镜将其放大３００％．。（注：对于高信噪比的图像可以利用算法自动进行细胞分割和信号提取，以后介绍。而本例选用的信噪比极低的实验结果则只能通过进行如此的手动圈选细胞了）
在ＩｍａｇｅＪ中有依次有矩形，圆形，任意多边形和任意手绘等圈选工具，本例以简单的圆形圈选框为例．
点击圆形圈选框，在图片组中圈选一个细胞，下图中黄色圈中即是我们选择的细胞．然后点击Plugins
-& Intensity&vs Time
Plot.也可以ｐｌｕｇｉｎｓ－＞　ｓｈｏｒｔｃｕｔｓ中为这命令定义一个快捷键，就方便很多了．
点击后，弹出荧光ＶＳ时间序列图片.点击List,图片转变为数据，点击Ｆｉｌｅ可以保存为ＴＸＴ或者Ｘｌｓ格式的文件．点击Ｓａｖｅ则数据直接保存为ｔｘｔ文件．（注：图中ｘ轴是图片序号，需要乘上扫描速度才是真正意义上的时间）．
以上方法比较适合一个一个查看细胞的反应，如果要同时收集多个细胞的信号，可以使用以下方法．
3.多细胞信号提取
首先在Analyze－＞set Measurements 中设定测量参数．
点击后跳出setMeasurements菜单如下．ImageJ自带的测量工具可以测量包括面积，坐标，灰度值等很多参数，本例只测量平均灰度值即可，故只勾选Mean
gray Value.
点击ＯＫ后，点击开始菜单上ROI Manager（主程序的图标，或者从Analyze
-& Tools -& ROI Manager打开）.如下图，将ROI
Manager最下方的Show all 和　Edit Mode勾上，则选取细胞时候，会自动编上序号．
然后使用圈选框进行细胞选取，每圈一个细胞，点击一次ROI Manager中的Add[t]键，将信息传到ROI
Manager中．如有错误圈选，可以选定ROI Manager左侧方框中的数据，点击右侧Delete.
这些选取的信息可以点击ROI Manager右侧的More&&
选项中的Save保存为Zip文件,下次重复测量本图其它参数,可以点击open进行导入.
圈选完成后，点击ROI Manager右侧的More&&
选项,跳出菜单如下,选取Multi Measure
则可以将所选取的细胞的荧光信号时间序列数值读出&.(注:右侧的Measure选项不能测量时间序列信号,只能给出单张图信息.)
点击后跳出一个复选框,将两个都勾上,即第一个询问是否测量所有图片的数值,第二个询问是否每一列代表一个细胞的荧光信号时间序列.
点击OK后,跳出Results菜单,所有细胞的荧光信号时间序列被显示出来,每一列代表一个细胞(mean1,mean2,...),点击File-&Saveas,文件可以保存为xls文件.
本文的方法实际上不仅仅适用显微荧光图片，对于任意图像的灰度值分析都可以，比如Western
Blot等图像灰度值分析。
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