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【求助】3‘UTR引物设计，急
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这个帖子发布于4年零110天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
最近做3'UTR 荧光报告基因载体的构建，现在在targetscan和genebank上均查到了靶基因的序列，但我发现3'UTR 序列在targetscan与在genebank上查到的不怎么一致，genebank上有一大串'A’尾，targetscan上查到的序列含有U,primer5引物设计软件好像不能识别U碱基啊,到底用哪一个上面的3'UTR序列设计引物？直接把3'UTR 序列复制到Primer5软件吗，包括一大串&A&尾？另外怎样设计3'UTR突变体的引物？
求详解，谢谢啊 ，好多不懂 ！！
不知道邀请谁？试试他们
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yanmeina 编辑于
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用genebank的
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yanmeina 最近做3'UTR 荧光报告基因载体的构建，现在在targetscan和genebank上均查到了靶基因的序列，但我发现3'UTR 序列在targetscan与在genebank上查到的不怎么一致，genebank上有一大串'A’尾，targetscan上查到的序列含有U,primer5引物设计软件好像不能识别U碱基啊,到底用哪一个上面的3'UTR序列设计引物？直接把3'UTR 序列复制到Primer5软件吗，包括一大串&A&尾？另外怎样设计3'UTR突变体的引物？
求详解，谢谢啊 ，好多不懂 ！！A和U是互补的，你在不同的数据库查到的序列应该是一致的，只不过一个是正链，一个是负链吧。建议确认一下
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老师您好，我们公司可以帮忙做UTR构建，有兴趣可以加我qq
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设计方法，看看这里有木有
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设计方法，看看这里有木有设计了几对引物，但都不是针对3'UTR全长的，怎样才能设计针对全长的引物啊？
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yanmeina 设计了几对引物，但都不是针对3'UTR全长的，怎样才能设计针对全长的引物啊？只能提供参考方法，剩下的靠自己了
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关于丁香园BatchPrimer3: a high throughput web application for PCR and sequencing primer designBMC BioinformaticsF. M. You& N. Huo& Y. Q. Gu& M. C. Luo& Y. Ma ... O. D. Anderson
BACKGROUND: Microsatellite (simple sequence repeat - SSR) and single nucleotide polymorphism (SNP) markers are two types of important genetic markers useful in genetic mapping and genotyping. Often, large-scale genomic research projects require high-throughput computer-assisted primer design. Numerous such web-based or standard-alone programs for PCR primer design are available but vary in quality and functionality. In particular, most programs lack batch primer design capability. Such a high-throughput software tool for designing SSR flanking primers and SNP genotyping primers is increasingly demanded. RESULTS: A new web primer design program, BatchPrimer3, is developed based on Primer3. BatchPrimer3 adopted the Primer3 core program as a major primer design engine to choose the best primer pairs. A new score-based primer picking module is incorporated into BatchPrimer3 and used to pick position-restricted primers. BatchPrimer3 v1.0 implements several types of primer designs including generic primers, SSR primers together with SSR detection, and SNP genotyping primers (including single-base extension primers, allele-specific primers, and tetra-primers for tetra-primer ARMS PCR), as well as DNA sequencing primers. DNA sequences in FASTA format can be batch read into the program. The basic information of input sequences, as a reference of parameter setting of primer design, can be obtained by pre-analysis of sequences. The input sequences can be pre-processed and masked to exclude and/or include specific regions, or set targets for different primer design purposes as in Primer3Web and primer3Plus. A tab-delimited or Excel-formatted primer output also greatly facilitates the subsequent primer-ordering process. Thousands of primers, including wheat conserved intron-flanking primers, wheat genome-specific SNP genotyping primers, and Brachypodium SSR flanking primers in several genome projects have been designed using the program and validated in several laboratories. CONCLUSION: BatchPrimer3 is a comprehensive web primer design program to develop different types of primers in a high-throughput manner. Additional methods of primer design can be easily integrated into future versions of BatchPrimer3. The program with source code and thousands of PCR and sequencing primers designed for wheat and Brachypodium are accessible at http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/.
BatchPrimer3：一个高通量PCR和测序引物设计网络应用程序
背景：微卫星（简单序列重复，SSR）和单核苷酸多态性（SNP）标记是遗传作图和基因分型中两类有用的重要遗传标记。通常，大规模基因组研究计划需要高通量计算机辅助引物设计。有许多这种基于网络或单机版的PCR引物设计程序可用，但是它们在质量和功能上有差异。特别地，大部分程序缺乏批量引物设计能力。越来越需要这样一种高通量设计SSR侧翼引物和SNP基因分型引物的软件工具。结果：基于Primer3开发了一个新的网络引物设计程序BatchPrimer3。BatchPrimer3采用Primer3核心程序为主要引物设计引擎以选择最好的引物对。一个新的基于得分的引物挑选模块被合并到BatchPrimer3中，并用于挑选位置限制引物。BatchPrimer3 v1.0实现了几种类型的引物设计，包括通用引物，SSR引物连同SSR检测，和SNP基因分型引物（包括单碱基延伸引物，等位基因特异性引物和用于四引物SRMS PCR的四引物），以及DNA测序引物。FASTA格式的DNA序列能够被批量读入程序中。输入序列的基本信息，作为引物设计的参数设置参考能够通过序列的预分析获得。输入序列能够被预处理并遮蔽以排除和/或包含特定区域，或者像Primer3Web和primer3Plus一样为不同引物设计目的设置靶。一个制表符分割或Excel格式的引物输出也极大地促进了随后的引物订购过程。已经使用程序在几个基因组计划中设计了数以千计的引物，包括小麦保守内含子侧翼引物，小麦基因组特异性SNP基因分型引物，和短柄草属SSR侧翼引物，并在几个实验室中进行了验证。结论：BatchPrimer3是一个综合网络引物设计程序以高通量方式开发不同类型的引物。引物设计的额外方法能够容易地整合到未来版BatchPrimer3中。程序源码和为小麦和短柄草属设计的数以千计的PCR和测序引物可以在http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/获得。
http://dx.doi.org/10.05-9-253http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2438325/pdf/-253.pdf
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编辑次数: 1次batch primer3序列怎么添加-百谷歌