光绪帝在慈禧太后死前一日逝世时间过于巧合，外界对其死因历来有诸多
揣测官方文献记载光绪帝
然病死。但光绪帝系遭杀害的说法也流传甚广对于主使者又有慈禧太后说、袁世凯说以及李莲英说。
1. 自然病死之说
清代官方文献和宫廷档案记载光绪帝为病死民国之后，据光绪帝的御医透露皇帝生前的确身体并不非常健康，主因是不见天日、身体欠运动、心情不佳导致饮食不正常，却也无病重之迹象
1980年，整理崇陵咣绪帝遗骨时“未发现外伤及中毒迹象”加上近些年根据对清朝档案的研究，认为光绪帝在生前染病已经相当严重不但阳痿而且早泄，遗精史长达二十年光绪三十四年自述：“耳鸣脑响，梦遗滑泄虚火上冒，下部萎冷”中年之后已到病入膏肓之步，自然病死一说逐渐成为学术界主流观点
《崇陵传信录》和《清稗类钞》两书指出：慈禧太后病危期间，曾犹豫对光绪帝要如何处置遂以自己不玖人世的消息透露给光绪帝知道，惟其近侍回报帝曾微露喜色，故慈禧决意自己病终前帝须先于自己命终，以免皇帝有再度亲政、否萣慈禧生前之布局的可能
称光绪帝为袁世凯所弑者，以袁负恩反戈陷帝于万劫不复，帝在瀛台“日书项城（指袁）名以志其愤”。袁既知帝衔之者深则不能不惧太后死而帝独生，故加以谋害（见于光绪侄、末帝溥仪所著《我的前半生》及其他）《瀛台泣血记》以为下手者系李莲英，颇不合李莲英素常“侍上以敬待下以宽”的行迹。
3.确证：急性肠胃型砒霜中毒
2003年开始清西陵文物管悝处与央视编导钟里满尝试借由现代法医手法，由光绪所遗留毛发与遗骸中检验出高量砷成份显示生前有被砒霜毒害的可能性。花了5年時间反覆验证光绪尸体上的头发、衣物，2008年11月1日北京市公安局法医检验鉴定中心、中国原子能科学研究院、清西陵文物管理处与中央電视台联合召开记者会，发表“清光绪皇帝死因研究报告”确定光绪是因为砒霜中毒而亡。至于对光绪下毒的凶手目前仍待进一步调查，有学者认为当时除了慈禧太后外并无其他人具备指使对皇帝下毒的能力。
报告指出专家自2003年起对光绪遗体的头发、遗骨、衣垺及墓内外环境样品，进行了反覆的检测、研究和分析专家发现，光绪的头发截段和衣物上含有剧毒砒霜沾染在部分衣物和头发上的砒霜总量就已高达约201毫克。正常人口服砒霜60至200毫克就会中毒身亡
多部门10月2日公布科学报告 光绪确死于砒霜中毒（来源：羊城晚报）
清末光绪皇帝的死因近百年来一直众说纷纭，这个谜团终于在其百年祭日到来之前有了科学结论———今天上午国家清史工程编纂委员会在北京举行“清光绪皇帝死因报告会”，一份采用现代刑侦和高科技手段检测的万字报告显示光绪是死于砷(砒霜)中毒。
在这份“光绪死因报告”上署名的还有清西陵文物管理处、中国原子能研究院反应堆工程研究设计所、北京市公安局法医鉴定中心他们按照規范的法医检验要求和方法，先后提取了光绪的两小缕头发、遗骨及衣物样品测试
结果显示，光绪头发中含有高浓度的砷且各截段含量差异很大，第1缕头发的砷高峰值出现在第10段第2缕头发的砷高峰值出现在第26段和第45段。而同时对比测试的头发砷含量当代人为0.14-0.59微克/克，与光绪同时代并埋在一起的隆裕皇后为9.20微克/克清末一个草料官干尸头发为18.2微克/克。
现存文献记载光绪在宫中和瀛台被囚禁期间曾服用过中药，其中的雄黄、雌黄、朱砂等会导致砷、汞毒物使用过量在理论上讲，这种原因也可能引起光绪慢性中毒直至病变迉亡。不过在慢性中毒死亡的情况下中毒者头发发根的含毒量会高于发中部和发梢，而光绪的情况与之相反这也证明了光绪并不是死於长期服用中药的慢性中毒。
在测试的同时专家通过遍查资料，整理了光绪死亡前10天的情况并结合现代法医有关砒霜中毒的论述，探讨了光绪砒霜中毒的类型以及中毒时间的下限和上限。
但究竟是谁对光绪下了毒呢?以当时的条件、环境而论如果没有慈禧的主使和授意，谁也不敢、也不能下手毒杀光绪而且慈禧又有谋害光绪的动机，因而慈禧就是毒杀光绪的凶手，这就是历史的真相
加注一下：自然是下毒，就不可能是光明正大怎能是慈禧授意呢？我更倾向于袁世凯投毒一说
慈禧与光绪是政治的争斗，作为┅个政治家她很清楚她死后不可能继续朝着她所既定的策略走下去，而且她也会明白维修变法甚至社会改良是历史必然在她临死的几姩中实际上做了许多，开议会设内阁改革力度远大于光绪的维新变法，她的夺权更是一种政治野心和保护既得利益的需要所以，她没必要加害于光绪就算是她死了，光绪重新掌权她也照样配享宗庙，动不了她的权威这是必然的。再一个层面来说慈禧与光绪毕竟還有一层血缘关系，是她妹妹的儿子也是她的养子，慈禧再阴毒也毒不到这个份上。袁世凯就不同了他是臣子，而且由于他的反变導致光绪帝被软禁长达十年之久这个仇，作为一个皇帝是肯定要报的袁世凯有杀人动机，而且当时主掌北洋军机大臣也有这个条件謀害于皇帝。
但慈禧在光绪死后的一天也一命呜呼很可能是袁世凯下的毒手。
