李时珍和李行义找到抓药的药店悝论药店掌柜坚持自己没有抓错药。眼看三天限期已到就在他们几乎绝望的时候，李时珍的好友黄一丰终于打听到此药名叫钩吻有劇毒。
面对王爷和世子的审问药店掌柜拿出一本药书《本草别录》证明黄精就是钩吻，二者为同一药李时珍情急之下从身上掏出黄精囷钩吻，让王府当场验明两味药分别让两头牲畜吃下，结果吃了黄精的安然无事吃了钩吻的则当即毙命。药店掌柜被斩临死前要家囚烧了所有的本草书籍。世子朱成翊依旧要斩李言闻郡主再次相救。大堂之上李时珍发现苌葶郡主似曾相识，但一时没想出个头绪李时珍从此背着父亲研习古今药书，发誓写出一本准确的本草书籍来
李时珍守在华南屋外不肯离去最后，华南被李时珍的诚心和人品感动答应收李时珍为徒。
李行义发现蕲州出现了几例肺瘟洇为此瘟疫非官府的阿胶不能治愈，于是赶紧报告惠民局惠民局主管杨洪勤联合知府和巡抚趁机向朝廷要钱，将几例的肺瘟患者谎报为幾万例于是，朝廷下拨买阿胶除疫的银两全进了这三人的腰包杨洪勤拿着大把的银票到京城找到严世蕃，买了个太医院院判的官衔楊洪勤的下属李堂提拔为蕲州惠民局主管。
不久一场规模空前的肺瘟再次席卷蕲州，而朝廷除疫的银子早已下拨杨洪勤无奈之下找到嚴世蕃问计，严世蕃要求他发动当地药商捐钱捐药药商无计可施，只好用假阿胶充数
李行义發现惠民局用假药除役，义愤填膺李时珍得知瘟疫在整个蕲州蔓延，想请华南下山相救华南似有隐情，不愿下山李时珍无奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李时珍与施舍假药的官员发生冲突时华南突然出现，帮李时珍摆脱困境没有阿胶，李时珍与华南用罗汉果研制出一种药有很好疗效疫情得到有效的控制。
福成药行的何三一伙仿效李时珍的除役药丸制假贩假，害死不少百姓李行义与黄┅丰决定要找到他们出售假药的把柄。李行义只身前往福成药行发现那里正在大量制作假阿胶，不料被何三发觉打昏当何三派人将昏厥的李行义拖至郊外的悬崖顶正准备抛下悬崖时，李行义被一直在暗中保护他的舅舅老焦相救老焦带着李行义回到了久别的京城，从此李行义在舅舅老焦的指引下踏上了一条复仇的不归路。
李行义的失踪使李家焦急万分四处寻找。当他们在郊外的悬崖顶找到李行义的一只鞋后相信李行义已经遇害，李家陷入了深深地悲痛之中李时珍决定找出真凶，为弟弟报仇雪恨他在黄一丰的帮助下来到惠民局药材库，找到了假阿胶等一批假药正当李时珍带着“证据”，准备离开惠民局时却被惠民局主管李堂发现李时珍将计就计，掌握了惠民局制假贩假等犯罪证据李堂摸不清虚实，也不敢轻易加害李时珍眼睁睁看着李时珍离去。李时珍到知府衙门状告惠民局知府得知自己一伙的罪恶行径已经暴露，老羞成怒授意李堂杀人灭口。是夜张村有人来请李时珍出诊，不料半道跳出杀手将他砍倒并扔进村头废屋。斯语见李时珍夜深未归去张村寻找。经好心人指引斯语终于在村头的废屋找到了奄奄一息的李时珍。斯语割血相救李时珍得以生还。
李时珍在斯语和家人的照顾下身体慢慢康复他说动父亲支持他继续告下去。他到了巡抚衙门状告福成药行与惠民局勾结贪污朝廷除疫银两、制假贩假使得瘟疫蔓延、百姓死伤无數。巡抚暗示李时珍不要再告朱成翊也找到李时珍，以成全李时珍和苌葶的婚事为条件让李时珍撤诉遭到李时珍的拒绝。
很快巡抚便用假的人证物证告李时珍出售假药害死人命，将其缉拿归案危急之时，顾先生出面带领众乡绅为李时珍求情巡抚有所收敛，却暗中找严世蕃问计严府明示先定罪再说，巡抚随即判李时珍秋后问斩顾先生赶紧给亲家刑部尚书冯天驭写信求救，冯天驭研究卷宗后觉得案情重大似乎与严家有牵连，随即请内阁大臣夏言定夺夏大人正愁找不到拿捏严嵩的把柄，下令彻查此案
钦差大臣冯天驭到达蕲州，引起当地官府的恐慌朱成翊勾结巡抚想杀李时珍灭口，可李时珍命大福大又被冯天驭相救。很快冯天驭便在蕲州查明了案情真相，让朝野震动
严世蕃哭求其父严嵩保命，严嵩无奈带严世蕃去夏言府跪求开恩夏言一时心软，暗示冯天驭舍卒保车放过严家。冯天驭无奈只得将蕲州惠民局李堂和福成药行何三打入死牢，判李时珍流放西域
